日本酒最早见于《古事记》(日本最古老的编年史书)与《日本书纪》。《古事记》的出云神话中，就有用“八盐折酒”消灭八歧大蛇的记载，而《日本书纪》的“日向”神话中有关于“天甜酒”的记载。或许这是为了举行农耕仪式所酿之酒，农民们在向神灵祈祷丰收之后与神灵一同享用美酒。但不管怎样，那毕竟只是一个遥远的神话时代，而且并没有任何明确的记载表明酒是由米酿造而成。

著名的酿酒寺院，包括大阪的天野山金刚寺(河内长野市) 、奈良的菩提山正历寺、滋贺的释迦山百济寺(爱东) 、樱井市桧尾山的观心寺、福井(丸冈市)的白山丰原寺等。其中人们对天野山金刚寺的天野酒极尽赞美之词 (人们称其为“无与伦比天野酒”)。伟大的军事领袖丰臣秀吉也对该酒情有独钟。他派人送去朱印状(朱印文书)，指示“勿加木灰”等，该朱印状作为寺院珍宝被保留下来。此外，正历寺的酿造方法与现在的清酒酿造方法相同，采用白米加上米曲（kojimai）和挂米（kakemai）的方法进行酿造。换句话来说，该寺庙以最早酿造“诸白(100%精白米酿造的清酒)”而享誉盛名。

即便是风靡中世酿酒业的“僧坊酒”，由于清酒的酿造容量是壶或坛，所以最多可以酿造的清酒量仅为540升。清酒的量化生产，一直等到大型木桶的出现才开始。从14世纪至16世纪，制作大型木桶所需的大锯、手锯（前挽锯）、台刨等从亚洲大陆进口至日本。当时的日本正从战国时期向室町时代过渡。与此同时，由于内乱，寺院的繁荣转向了地方乡镇。

丰臣秀吉在1598年举办了著名的醍醐（京都南部）赏樱会。由于其富足奢华的生活在赏樱后的50天后嘎然而止（享年63岁），这次赏樱会可以说是他人生最后的奢华。宴会所需的山珍海味一应俱全，都是各个领主（国）进献的琼浆佳肴。宴会酒水均是各地名酒，包括博多 (福冈)的练贯酒、丰后(大分)的麻地酒、加贺的菊酒 (菊花清酒) 、奈良的僧坊酒 (正历寺南“诸白” )、 天野酒(大阪)、小岛酒(冈山)、 江川(静冈)等。在某种意义上，这也许是日本清酒历史上第一个“本土清酒品牌”时期。